Емил Стоянов е роден през 1959 година в Пловдив.

Завършил е немска гимназия, а след това литература в Пловдивския и Лайпцигския университет.

Автор е на три книги и на над сто статии и преводи от немски език.

През 1990 година Емил Стоянов основава университетското издателство в Пловдив.

През 1992 година основава издателство „Пигмалион“, специализирано в издаването на художествена немскоезична литература. До момента в „Пигмалион“ са издадени над 100 немски, австрийски и швейцарски автори.

Емил Стоянов е бил заместник генерален директор на Българската национална телевизия през 1997-1998 година.

През месец май 2000 г. издателство „Пигмалион“ организира в Пловдив европейска среща „Берлин – Пловдив“ под патронажа на тогавашния председател на немския парламент Рита Зюсмут.

През 2001 година създава първата в България новинарска телевизия „Европа“, на която е председател на Съвета на директорите. Tелевизия „Европа“ има 1 000 000 зрители на ден. През 2016г. Емил Стоянов продава акциите си от Телевизия „Европа“ и напуска управлението й.

През 2005 година Емил Стоянов учредява фондация „Пигмалион“, чиято цел е подпомагането на литературата, изкуствата и медиите.

През 2006 година фондация „Пигмалион“ става съучредител на големия европейски проект „Халма“. В него участват 22 литературни и културни институции от 16 страни. Водеща институция е Литературният колоквиум в Берлин. Проектът тръгва с благословията на тогавашния министър на външните работи на Федерална република Германия Франк-Валтер Щайнмайер.

През 2008 година фондация „Пигмалион“ съвместно с фондацията за култура „Еденкобен“ от Федерална република Германия става съучредител в литературния проект с водещ Инго Вилхелм под наслов „Балкански азбуки“.

През 2009 година Емил Стоянов е избран за евродепутат от гражданската квота на партия ГЕРБ, която е член на Европейската народна партия.

В Европейския парламент Емил Стоянов става първият българин член на Комисията за култура, образование и медии и на делегацията за връзки с Израел. Заместник-член е на комисията по транспорт и туризъм и на делегацията за връзки с Австралия и Нова Зеландия.

През 2002 година Емил Стоянов е удостоен от президента на Република Австрия с Почетния кръст за наука и изкуство заради изключителните му заслуги за популяризирането на австрийската литература в България.

През 2005 година Емил Стоянов е награден с Почетния кръст за заслуги към немската култура във връзка с многогодишните му усилия за нейното популяризиране в България.

През юни 2017г. Емил Стоянов създаде нов медиен проект – ДЕБАТИ.БГ , който представлява модерна интернет платформа с елементи на вестник и телевизия.